Napoleon Dynamite est un lycéen nerd et laid, dans une petite ville de Preston (Idaho). Il vit chez sa grand-mère avec Kip, son grand frère de trente-deux ans qui passe son temps à chatter sur Internet. Après un accident de quad de leur grand-mère, leur oncle Rico vient prendre soin d'eux. Avec Kip, il décide de se lancer dans le porte-à-porte pour vendre des objets en plastique. Dans le même temps, Napoleon se lie d'amitié avec Pedro, un nouvel élève mexicain. Ensemble, ils essayent de trouver une fille à inviter au bal du lycée. Ils font ainsi la connaissance de Deb, une jeune fille timide, passionnée de photographie. Napoleon pousse alors son ami Pedro à se présenter aux élections du lycée et à mener campagne avec lui contre la fille la plus populaire du lycée.